На виртуальной машине 1С-Битрикс xdebug поставляется с первых версий. Для включения модуля надо просто раскомментировать его подключение в /etc/php.d/xdebug.ini
Войдите под пользователем root, выполните в редакторе:
mv /etc/php.d/xdebug.ini.disabled
/etc/php.d/xdebug.ini
и замените:
; zend_extension=/usr/lib/php/modules/xdebug.so
на
zend_extension=/usr/lib/php/modules/xdebug.so
Это можно сделать через sftp или mc.
Затем перезапустите Apache:
/etc/init.d/httpd restart
При этом никакие дополнительные настройки xdebug делать не надо, это делается на лету в момент запуска отладки.